绿水 与水质混浊常常令人混淆不清，因为绿水未必会呈现绿色的水色。依据传统水族界的说法，造成绿水的成因，不外乎磷酸和硝酸偏高。然而搅动底床往往是爆发绿水的元凶。其引诱绿水的根本原因，依据 Tom Barr 的说法，就是 NH4！强光、不稳定的 CO2、磷酸和硝酸，都只是「促进」绿水成长的因子，并非真正「诱发」的因子。一旦绿水发生了，对付的方法不外乎五种：紫外线杀菌灯、活水蚤、硅藻土过滤器、化学药品和遮光法。紫外线杀菌灯可说是最常使用的方式。活水蚤还来不及协助吞食绿水，自己往往就已经变成了其他生物的佳肴；硅藻土过滤器价格昂贵，也必须经常清理，不怎么符合经济效益；化学药品则是我们最不愿使用的手段。Tom Barr 对于绿水的处置，所建议使用遮光法如下。

其过程如下：

遮光三日，其间每日换水 50-60%，同时关闭 CO2 的供给，每日以每 10 公升相对 1 ml 的方式添加戊二醛（也就是建议剂量的四倍），每日尽可能彻底清理藻类，增加水面的流动以提供较多的氧气。三日之后开始施肥并供给 CO2，此时供给 CO2 要很小心，另外执行每周两次的换水，直到绿水完全消失为止。
不过看完 Tom Barr 这样的遮光法，相信绝大部分的草友都宁可买个紫外线杀菌灯来使用。预防绿水最好的方法，就是在修剪水草或翻动底床时，配合适度的换水，如此一来降低了 NH4 暴露剂量与时间，这也是预防许多藻类萌发的最好方法。


硅藻 就是一般水族爱好者口中所称呼的褐藻，硅藻可说是地球上最重要的生物之一，占了整个地球总生物质量的 1/4，况且单单硅藻就能提供地球上 30% 的氧气供应量，而大型生物如鲸鱼或微小生物如细菌者，也都要以硅藻为生，硅藻可说是地球上最重要的生物之一。


但是硅藻在水族缸内可就不怎么讨喜了。有碍观瞻是很多藻类不受欢迎的重要原因，水族爱好者往往忽略了藻类的重要生态功能。硅藻在水族缸中虽不受欢迎，但也很少造成草友们的困扰，因为以硅藻为生的食藻生物很多，例如小精灵、螺类和虾颣，很容易就将硅藻清理掉。但硅藻所谓的消除，其实并非真正的消失，只不过是眼不见为净罢了 硅藻有碍观瞻并不讨喜，还好是容易对付的藻类


至于硅藻发生的原因，从水中的低氮（N）高磷（P）以及二氧化硅（SiO2）过高都有人提及。目前比较广为接受的说法是水中的硅酸过高加上弱光是硅藻最喜好的环境。尤其是新设置的水族缸之岩石或底砂，如果含有高浓度的硅酸，被认为是硅藻诱发的环境， 硅藻的诱发被认为与硅酸有关，但 Tom Barr 有不同的见解。


不过见解常常与众不同的 Tom Barr 最近对于硅藻又有不同的看法，他认为硅藻的诱发并非因为水中的硅酸，而「怀疑」可能是 NH4 所致！ Tom Barr 举出研究证据说明水中硅酸与氨氮对硅藻成长的影响，发觉氨氮才是促进硅藻大量成长的关键营养。而我们的水族缸通常在「新」设缸时比较会发生硅藻，在一两个星期后硅藻往往也会自动消失（看不见），新设缸的硝化系统尚未完整建立，水中的 NH4 自然也会比较高，这也是让 Tom Barr 怀疑 NH4 才是诱发硅藻大量繁殖的重要观察。


绿尘藻 事实上是游动孢子，通常发生于水族缸的玻璃表面上。绿尘藻形成一层灰尘状的绿色黏膜，在严重的情况下会整个覆盖住水族缸的玻璃。绿尘藻到底怎么诱发的，还不是很清楚。但绿尘藻偏爱强光。将玻璃面的绿尘藻刮干净了，并无助于绿尘藻的再发。因为绿尘藻就在水里面，况且能够在水中漂浮 30-90 分钟后，再度依附至玻璃面上。


因为某种原因，这些游动孢子避开了水草、岩石和沉木，总是挑选玻璃表面来附着。限制营养的作法无法击退绿尘藻，况且只会让水草处于营养缺乏的状态，也会产生另外的问题，尤其是其他品种的藻类之萌发。目前根除绿尘藻最好的方法，是由 Tom Barr 所发现的。Tom Barr 宣称不必理会绿尘藻并且任其成长，在 10-20 天的日子里都不必去刮玻璃，过了这段时期以后，绿尘藻开始形成一大块厚度不一的薄膜，而且开始由水族缸的玻璃面上自己剥落。当整片绿尘藻开始自然剥离时，正是整片将绿尘藻移除的好机会。利用此一方法，绿尘藻便能受到很好的控制， 根据 Tom Barr 提供的方法于三周后将绿尘藻清除的水草缸。





丝藻 是黑孢藻属的藻类，有时候容易与水棉属的发藻相互混淆。丝藻通常长在叶片的边缘，长度可达 30 cm 的细丝状。丝藻与发藻也经常一起出现并纠缠在一起，丝藻在池塘也经常造成困扰。


丝藻的诱发原因还不是很清楚。虽然丝藻在池塘也常造成很大的困扰，德国水族界将丝藻视为水质良好的指标，也就是说利用控制水质的方式来抑制丝藻的效果有限。另一种说法是过量的铁质容易引发丝藻，因此有人建议使用固态铁肥，而非液态铁肥。但是过多铁肥能引发丝藻的说法，遭到 Tom Barr 的驳斥。


玫瑰鲫具有清理丝藻的效果。 至于丝藻的清除，可利用筷子或牙刷加以卷起丢弃。至于生物防治法方面，飞狐或大和米虾都是清理丝藻的好帮手。此外玫瑰鲫对于清理丝藻的功效，也颇受草友们的肯定。


发藻 其实就是水绵属的植物，常常附着于成长慢速的水草、底床或沉木上，发藻的呈现灰绿色，摸起来滑滑黏黏的感觉，其长度通常不超过 4 cm。这和丝藻是不一样的。
发藻其实就是水绵，在野外也很常看见、光靠控制营养来着手，并无法有效的抑制发藻的成长。预防的措施比较重要，任何新加入水族缸的水草或鱼虾，都要先做好消毒防范的工作，例如使用双氧水或者漂白水来消毒。


一旦看见发藻的踪迹，就必须立即采取行动 一旦发藻的成体或孢仔突破了这一道关卡，后续的根除就比较麻烦了。采取立即的行动很重要，手动清理的方式包括使用筷子或牙刷将发藻卷除，不要指望发藻会自动消失。一旦发藻附着在底砂上，最好的方式是翻动底砂上的发藻，并将之埋入底砂下方 2 cm 以上，将发藻活埋入无光照的底砂中致死。至于附着于水草上的发藻，必须好好的修剪，这的确很麻烦，但至少我们也学到了教训，日后不会等到一发不可收拾的时候才想到要清除整理， 一发不可收拾的发藻肆虐......。


当然过滤器也得彻底的清洗，以免残存的发藻成体与孢子日后有机可乘。，发藻的生物防制法效果不错，或者说发藻其实是不少鱼虾的零食与补品，包括黑壳虾与大和米虾都是常用的除藻生物，只不过并非每个地方的草友都像台湾草友那么幸福，可以用低廉或贱价购得大量的黑壳虾或大和米虾来协助清除发藻。


一眉道人清理发藻的功效备受美国草友的推赏。

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其实会啃食发藻的鱼类也不少，除了我们所熟知的飞狐以外，樱桃灯与一眉道人对于清理发藻的功效，都受到了美国草友的肯定，尤其是一眉道人，由于体型较大的关系，对于清除发藻的功效更是惊人。